Våren 1941 nådde BK Atleten som förening sin största framgång då man blev seriesegrare i div II. Samma år tog föreningen även sin största enskilda merit då Karl Andersson blev svensk juniormästare i mellanvikt som avgjordes i Enköping. Tisdagen den 13 oktober 1942 samlades de gamla medlemmarna ur Borstahusens IF för att försöka blåsa nytt liv i fotbollen ute i fiskesamhället. Mötet beslutade att en förening för idrott skulle bildas. Föreningens namn blev Borstahusens Bollklubb. Vid årsmötet den 10 januari 1943 tog man också beslutet att söka inträde i idrottsföreningarnas Riksförbund samt i Svenska Fotbollsförbundet. Att fotbollen stod på modet i Borstahusen 1942 underströk inte minst en match, som spelades på idrottsplatsen i "lejet" den 18 juli. Då möttes nämligen Brottarklubben Atleten och Borstahusens Bollklubb, ett äkta lokalderby alltså. Det visade sig att Bollklubben hade lite bättre förstånd på det här med fotboll. BBK segrade med 3-1. 1944 var första året då BBK kunde redovisa pojklagsfotboll i sin verksamhet. Brottningen var till början kärnområdet för BK Atleten, men senare skulle även både en fotbollssektion och en bordtennissektion bildas. 1946 invigdes den nyrenoverade fotbollsplanen invid Alfreds badhus, en befriande spark från Öresund. Tillkommit hade också en nybyggd  omklädningspaviljong, som uppförts söder om plan. Totalt hade staden investerat 28.000:- i den nya anläggningen. När BK Atleten höll sitt årsmöte den 6 januari 1947 kom frågan upp om det inte var dags för en sammanslagning av de bägge klubbarna. Anledningen var att man ansåg att man lättare skulle kunna locka ungdomarna i Borstahusen att börja idrotta. Styrelsen fick i uppdrag att skriva till Borstahusens BK. Efter överläggningar hölls ett möte med de bägge föreningarnas medlemmar. Ett 60-tal medlemmar hade sökt sig till mötet. En stund senare fanns inte BK Atleten eller Borstahusens BK längre, man hade enats om en sammanslagning. Det som kvarstod var att besluta om namnvalet. Brottarna tyckte att de skulle heta Atleten eftersom det var den äldsta, BBK:arna tyckte att Borstahusen visade varifrån de kom. Men efter första omröstningen var det ännu ej bestämt eftersom denna slutade exakt lika. Atleten anhängarna lyckades i pausen värva över Tage "Gurra" Berg eftersom han även var medlem i Atleten och i den andra omröstningen röstade han för Atleten. På så sätt segrade Atleten, Idrottsklubben Atleten. 1947 var också sista året Atleten hade en klubbåtta i brottning i aktion, därefter var det endast individuella tävlingar som gällde p.g.a. bristen av bredd i klubben.

1950-talet